Изначально эта святыня была посвящена Святейшей Троице. Возводился костёл немецкоговорящими лютеранами, причём не только простыми пражанами, но и дипломатами, и представителями имперских фамилий. На сегодняшний день главным сокровищем храма считается статуэтка, изображающая Младенца Иисуса Христа.
Первоначально спроектированный облик собора значительно отличался от существующего сегодня: вход в храм располагался там, где сейчас находится алтарь, сам алтарь был украшен каменными статуями, которые изображали Тайную вечерю, а над алтарём было размещено изображение Святой Троицы. С изгнанием из Праги лютеран церковь временно была закрыта. Через два года здание собора было передано ордену босых кармелитов и именно с этого момента костёл начал носит имя Девы Марии Победоносной.
Как бы ни привлекало красотой и великолепием внутреннее убранство храма и его архитектура, в основном его посещают не для того, чтобы любоваться самой постройкой. Главной святыней, привлекающей каждый год многие сотни паломников изо всех уголков планеты, является выполненная из воска статуэтка Младенца Иисуса Христа, которая считается наделённой чудодейственной целительной силой. Согласно поверью, именно она спасла столицу Чехии от разрушений Тридцатилетней войны и свирепствующей на соседних территориях чумы. Цвет длинного платья, в которое облачена фигурка Иисуса, меняется согласно церковному календарю. Например, в дни Рождества и Пасхи одежды белого цвета, в которые облачают Младенца, символизируют его святость и чистоту. Гардероб Пражского Младенца всего насчитывает порядка 80 нарядов. Полюбоваться ими можно в небольшом музее, в который ведёт лестница, расположенная в южной части храма.
