Современное здание собора было построено архиепископом Никифоросом в 1662 году на месте, где раньше располагалась часовня бенедиктинцев, возведённая в честь Св. Иоанна Евангелиста. Набеги мамлюков вынудили орден бенедиктинцев покинуть остров Кипр, и с 1426 года в здании брошенной часовни находился православный монастырь. Церковь Иоанна Богослова – православная – монастырской оставалась до XVIII века, в это время архиепископ Сильвестр сделал церковь кафедральной и она служила резиденцией на Кипре православного архиепископа. Постройка небольшая, однонефная, в её архитектуре присутствуют франко-византийские элементы, а внешние высокие подпоры придают облику церкви схожесть с крепостью. В Никосии эта церковь осталась единственной, в которой целиком и полностью сохранились до наших дней настенные росписи внутри помещения. Также в церкви находятся четыре большие иконы, написанные Иоанном Корнаро, критским художником, в 1795 и 1797 годах. Датируемые XVIII веком настенные росписи сделаны по мотивам библейских сюжетов, а одна роспись изображает обнаружение в Саламисе гробницы Святого Варнавы.
