Строительство Новоафонского монастыря началось в конце XIX века с разрешения великого князя – Михаила Романовича. К нему с такой просьбой обратились монахи из греческого православного монастыря, располагавшегося на горе Афон. Первоначально на пустынном черноморском побережье выстроили нижнюю часть монастыря, и лишь спустя 8 долгих лет, монахами было начато строительство нагорной части. 
Такая долгая задержка объясняется большими трудностями, возникшими при строительстве храма. Чтобы получить абсолютно ровную площадку для постройки храма, необходимо было снять верхнюю часть горы. Излишки же горной породы и земли необходимо было вывезти. Учитывая полнейшее отсутствие подъездных путей в столь пустынном месте, можно сказать, что Новоафонский монастырь был возведен в сравнительно короткий срок – всего лишь за 12 лет. Вскоре после этого в нем поселились монахи. 
Совсем недалеко от монастыря находится древний храм Симона Кананита. В него регулярно приезжают православные паломники с просьбой заступничества у Святого, а также, чтобы поклониться его святым мощам. Также посещают христиане пещеру святых – Симона и Андрея, по преданию именно в ней уединялся, чтобы совершать свои молитвы Симон Канонит. Самой святой реликвией Новоафонского монастыря является крест, содержащий частицу древа креста Господня. Существует поверье о том, что этот крест является чудотворным.
Новоафонский монастырь был выстроен также при участии российского царя Александра III, подарившего монахам электростанцию и паровоз, а еще куранты, украшающие башню монастыря и по сей день. 
